微波杀菌设备能够很大程度的保持食品物料的营养成分，杀菌效果显著，可以使食品不添加防腐剂而延长保存期。微波杀菌技术的优势逐渐受到人们的中式，应用也遍及粮油制品、调味品、禽肉制品、豆制品和奶制品、果蔬杀菌保鲜、水产品等方面。

      一般制品的货架期都比较短，因其含有大量的营养物质，易滋生细菌而腐败变坏。一般的常规加热杀菌中，食品内部的细菌很难被杀死，从而导致其货架期变短且品质下降。微波杀菌设备具有极强的穿透性，能将制品表面和内部的细菌杀死，而使其保鲜期增加数倍。

    微波杀菌技术在果汁保鲜方面的应用主要有两个作用：杀菌和灭酶，由于细菌作用会使果汁很快失去营养价值和市场价值。若采用热力杀菌方法，产品经过高温长时间处理后，其风味和口感变差。利用微波杀菌在短时间内既可以杀死细菌同时还可以使酶失活，并且保持了果汁的价值。

     肉制品的杀菌一般采用高温高压杀菌，杀菌时间长，能耗大，营养成分和风味物质损失大，而利用微波杀菌不仅速度快，效果好，而且能较好地解决软包装肉制品的杀菌问题。